Bisserup hed oprindelig Heurlesze hafn, Hørlis hafn og frem til ca. år 1700 Hvirvildshavn. Herefter kom navnet Bidserup, nu Bisserup, der er kommet af Bises Torp efter mandsnavnet Bise.
Saxo fortæller, at her i fjorden udkæmpede Frode Fredegods far, Fridlev hin Raske, et søslag mod den hallandske høvding, Hvirvild. Hvirvild faldt og blev begravet ved havnen, muligvis på Lodskroens parkeringsplads, under herredstenen, en stor kampesten, der i 1650, af Niels Trolle, blev ophugget og brugt ved opførelsen af Trollholm kapel ved Venslev kirke. Pladsen blev i gammel tid brugt til udførsel og indførsel udenom kongens havne, altså en slags smuglerhavn, og Christian d. 4 forbyder i 1593 på det strengeste at benytte havnen.
I forbindelse med krigen mod England i 1807 blev der langs stranden anlagt skanser, hvoraf der stadig kan ses rester. Før år 1800 lå der ingen huse nedenfor Skolebakken, men greve Fr.A. Holstein, Holsteinborg (1808-1836), satte en udvikling i gang. I 1810 blev der bygget en skibsbro, kornmagasiner m.m., der kom lods og tolder og i 1832 blev der bygget en kro, der stadig ligger her, skråt overfor Lodskroen.
Fra havnen blev der stor export af korn, kreaturer og tømmer og import af øl, kul, Flensborg sten og meget andet. Grev Fr.A. Holstein ville have gang i fiskeriet i Bisserup og fik fat i en fisker fra Sletten i Nordsjælland, Jacob Fisker, der så fik sat gang i fiskeriet, der udviklede sig, så der i 1935 var 40 fiskere, heraf 20 større både og 40 mindre. I dag er der kun få fiskere tilbage, men havnen er en meget søgt lystbådehavn.